Как обычно, вопрос из-за непонимания того, что такое правила, а что такое описание.
Ответы: 1. Нет, не видят. Как и все прочие. Свойство darkvision совершенно не зависит от того, чем видит существо - глазами, ушами или третьей снизу чакрой. Магическая темнота дает concealment для существа с darkvision, если у существа нет свойства, которое это нейтрализует (например, фирменная способность баатезу).
2. Да, аура определяется, если невидимость есть результат заклинания. На этот вопрос в теме "вопросы и ответы" отвечали минимум четыре раза.
Там же подробно разбиралось, почему это почти бесполезно.
3. Нет, не видят. Нужны особые свойства. В рамках стандартных правил D&D призраки видят эфирных существ, так как сами находятся на Эфирном Плане. Но эфирность - не единственный способ получения невидимости, и стандартное заклинание не имеет отношения к Эфиру.
Далее, усвойте очень простую вещь. Видимость в правилах регулирует способность существа обнаружать противника. Природа зрения совершенно не важна - эти шаблоны стандартны. Например, darkvision 60 - это способность получать информацию так же, как человек глазами, только без цветов, в полной темноте (на расстоянии 60 футов). Чем это вызвано - для правил неважно. У орка это может быть одно, у зомби другое, у демона третье - но с точки зрения правил всё одинаково.
Если вам нужны детали о зрении, слухе, вкусе и пр. нежити - это описано в Libris Motris. С игромеханической же точки зрения наличие или отсутствие глаз неважно. Важно то, что прописано в правилах. Объяснить, как у него видит зомби вам сможет любой опытный мастер - объяснений можно придумать вагон.